Réforme IJSS 2026 : maintien de salaire et obligations de l’employeur

La réforme des IJSS applicable au 15 octobre 2026 oblige les employeurs à examiner l'articulation entre indemnités journalières, maintien de salaire et prévoyance. Elle ne crée pas une obligation générale de remplacer les indemnités supprimées par l'Assurance maladie. Elle ne permet pas davantage d'arrêter un complément employeur sans vérifier les textes qui le prévoient. Pour les services RH et paie, la bonne démarche consiste à rapprocher la décision de la caisse des garanties réellement applicables dans l'entreprise.

Cette fiche, à jour au 7 octobre 2026, porte sur les salariés du secteur privé et les arrêts pour maladie non professionnelle. Elle propose une méthode de vérification à l'employeur, sans confondre durée de l'arrêt de travail, durée d'indemnisation et maintien de rémunération.

Ce que la réforme IJSS du 15 octobre 2026 change pour l'entreprise

Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 réduit à un an la durée maximale dérogatoire d'indemnisation de certains arrêts liés à une affection de longue durée non exonérante. Les affections ouvrant droit à l'exonération du ticket modérateur dans les conditions visées par le texte conservent une période maximale de trois ans. Il ne s'agit donc pas d'une suppression de toutes les indemnités journalières après un an pour tous les salariés.

L'article 3 organise la transition : les nouvelles règles concernent les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 et les incapacités en cours atteignant six mois à partir de cette date. L'ancien régime reste applicable, jusqu'au terme de la période de trois ans, aux assurés déjà reconnus dans le dispositif de l'article L. 324-1 à cette date et visés par la disposition transitoire. Le passage des six mois ne fait pas courir une nouvelle année d'indemnités. Il faut obtenir la date de fin de droits retenue par la caisse, et non la déduire d'un calcul approximatif.

Pour l'employeur, l'enjeu est d'identifier les dossiers dans lesquels un maintien conventionnel ou une garantie de prévoyance dure au-delà des droits aux IJSS. La réforme modifie alors une donnée du financement, mais la réponse dépend de chaque convention collective et de chaque garantie.

Maintien de salaire : distinguer l'obligation légale et les garanties conventionnelles

Le socle légal du complément employeur

L'article L. 1226-1 du Code du travail prévoit une indemnité complémentaire sous conditions, notamment une année d'ancienneté, une incapacité justifiée dans les quarante-huit heures, une prise en charge par la Sécurité sociale et des soins en France, dans l'Union européenne ou dans l'Espace économique européen. Le texte comporte des exceptions et exclusions, notamment pour certaines catégories de salariés et en cas de fraude avérée dans les conditions qu'il précise. Une convention collective peut prévoir un dispositif plus favorable.

Selon les articles D. 1226-1 et D. 1226-2, le niveau légal est de 90 % de la rémunération brute pendant une première période de trente jours, puis de deux tiers pendant trente jours. Ces durées augmentent avec l'ancienneté, dans la limite de quatre-vingt-dix jours pour chacune. Les IJSS et certaines prestations de prévoyance s'imputent sur ce niveau : l'employeur ne verse pas ces pourcentages en plus des indemnités journalières.

Pour une maladie non professionnelle, le complément légal commence après sept jours d'absence, selon l'article D. 1226-3. Les indemnisations déjà reçues pendant les douze mois antérieurs entrent dans le décompte prévu à l'article D. 1226-4. Ce délai de carence et ce compteur ne doivent pas être confondus avec ceux de l'Assurance maladie.

Le maintien légal est ainsi limité dans le temps. La question d'un revenu conservé sur un arrêt long se joue souvent dans les garanties conventionnelles ou de prévoyance. Notre dossier sur le maintien de la rémunération pendant un arrêt maladie permet de replacer ces différents versements dans leur contexte.

La clause à lire avant toute modification de paie

Il faut rechercher si la convention collective, l'accord d'entreprise ou le contrat de travail prévoit un salaire garanti, une indemnité différentielle ou un versement conditionné aux prestations de la caisse. Les expressions « sous déduction des IJSS » et « sous réserve de prise en charge » n'appellent pas nécessairement la même analyse. Une mention isolée ne suffit pas : les conditions, la durée, les plafonds et les dispositions voisines doivent être lus ensemble.

La diminution des droits sociaux ne justifie donc ni une compensation automatique par l'entreprise, ni une suppression automatique de tout maintien. En présence d'une rédaction ambiguë, une analyse de la clause applicable est nécessaire avant de modifier le bulletin de paie. Cette vérification évite de transformer un changement de financement en rappel de salaire litigieux.

Les vérifications RH et paie à organiser

Subrogation : contrôler les remboursements de la CPAM

La subrogation permet à l'employeur de recevoir les IJSS dues au salarié lorsqu'il maintient sa rémunération dans les conditions requises. L'article R. 323-11 du Code de la sécurité sociale encadre ce mécanisme, notamment le maintien total du salaire et le maintien sous déduction des indemnités. La subrogation ne prolonge pas les droits du salarié aux IJSS. Si ces droits sont épuisés, elle ne crée pas une créance nouvelle contre la caisse.

Le service paie doit comparer trois éléments :

• La période de maintien applicable.
• Les dates de subrogation déclarées.
• Les paiements réellement reçus.

Selon les consignes de l'Assurance maladie sur la subrogation, la date de fin déclarée doit correspondre à la durée maximale prévue par la convention ou l'accord, et non simplement à la fin du certificat d'arrêt initial. Cette consigne déclarative ne dispense pas de vérifier ensuite la réalité des droits et des versements.

Un paiement manquant peut résulter d'un retard administratif. Il ne prouve pas, à lui seul, que l'indemnisation est terminée. Avant une régularisation, rapprochez les bordereaux de paiement, les décomptes transmis et les informations de la caisse. Conservez la justification du traitement retenu pour chaque période de paie.

Prévoyance : demander une réponse sur la garantie incapacité

La garantie incapacité de travail doit être distinguée de la complémentaire santé, qui rembourse des frais de soins. Pour préparer les conséquences d'une fin d'IJSS, l'entreprise doit lire la notice de prévoyance et interroger l'organisme sur les clauses effectivement souscrites. Il ne faut pas annoncer au salarié un relais de revenu avant d'en avoir vérifié les conditions.

Les questions utiles sont concrètes :

• Le versement suppose-t-il des IJSS effectivement servies ?
• Une prestation peut-elle continuer après leur épuisement ?
• Quelle durée de garantie est prévue ?
• Quels justificatifs et quelles formalités permettent d'instruire le dossier ?

La réponse doit identifier la clause utilisée et sa version, plutôt que reprendre une présentation commerciale générale.

Pour le calcul du complément légal, l'article D. 1226-5 prévoit la déduction des allocations de Sécurité sociale et de prévoyance, en ne retenant, pour ces dernières, que la part résultant du financement de l'employeur. Le traitement d'une garantie conventionnelle doit être vérifié selon ses propres stipulations. Évitez donc de soustraire indistinctement toutes les prestations d'un salaire garanti.

Une méthode de traitement avant la prochaine échéance

Pour chaque dossier concerné, réunissez :

• Les dates d'absence et de reprise.
• Le compteur des périodes déjà indemnisées.
• Les décomptes IJSS.
• Les textes de maintien de salaire.
• La notice de prévoyance.

Identifiez séparément ce qui est confirmé par la caisse, ce qui relève du calcul de paie et ce qui reste en attente de l'assureur.

Préparez ensuite une note de calcul indiquant la période, le salaire de référence, le niveau garanti, les prestations déduites et le complément restant. Le salarié doit pouvoir comprendre l'origine d'une variation de rémunération. Une explication écrite, appuyée sur les documents du dossier, permet aussi de corriger rapidement une erreur de période ou une double déduction.

Exemple de raisonnement : une caisse annonce la fin des IJSS alors que la convention prévoit encore une période de maintien. L'entreprise doit examiner la condition de prise en charge inscrite dans cette convention et la garantie de prévoyance, avant de conclure à un arrêt ou à une augmentation du complément. Cet exemple décrit une méthode, pas une solution identique pour toutes les branches.

Les changements de 2026 sont présentés dans notre dossier sur les indemnités journalières et arrêts de travail. Pour une difficulté portant sur l'application de la convention ou le montant du complément, le cabinet accompagne salariés et employeurs en contentieux du travail à Versailles.

Ancienneté, carence et salaire de référence : trois contrôles distincts

La gestion des IJSS en entreprise demande de séparer les compteurs. Le nombre de jours d'arrêt maladie ne correspond pas nécessairement au nombre de jours indemnisés par la Sécurité sociale, ni à la période couverte par le maintien employeur. Le premier contrôle porte sur l'ancienneté : selon l'article D. 1226-8 du Code du travail, elle s'apprécie au premier jour de l'absence. Il faut ensuite appliquer le délai de carence pertinent et tenir compte des jours de complément déjà consommés.

Pour rendre ce contrôle concret, voici le barème légal issu de l'article D. 1226-2, sous réserve des conditions d'ouverture du droit et de dispositions plus favorables. Il présente des jours indemnisables, pas une durée d'arrêt prescrite par le médecin. Une ancienneté inférieure à un an ne remplit pas la condition du régime légal ; elle peut néanmoins ouvrir des droits selon le texte conventionnel applicable.

Ce tableau ne constitue pas un nouveau droit annuel automatique pour toute absence ininterrompue. Le calcul doit être rapproché de l'historique d'indemnisation et de la situation du salarié. Une nouvelle prescription d'arrêt maladie ne remet pas mécaniquement les compteurs à zéro.

Salaire brut ou salaire net : quelle garantie faut-il appliquer ?

Le socle légal se réfère à la rémunération brute que le salarié aurait perçue en travaillant. Une clause de maintien de salaire net appelle une autre lecture. Le service comptable doit identifier si le texte garantit un pourcentage du salaire brut ou un salaire net, puis vérifier les prestations et cotisations prises en compte dans le traitement en paie. Comparer directement une indemnité nette versée sur le compte bancaire à un salaire brut peut conduire à un résultat trompeur.

Pour un dossier d'arrêt de travail pour maladie, la note de calcul peut donc suivre quatre lignes :

• Rémunération brute de référence.
• Taux garanti.
• Montant des IJSS imputables.
• Indemnité complémentaire.

Si une prestation de prévoyance intervient, sa part imputable doit être identifiée séparément. Le calcul des IJSS par la caisse et le calcul du complément par l'employeur sont deux opérations distinctes : un simulateur général ne remplace pas la lecture de la convention collective.

Un exemple de calendrier pour une PME

Une PME reçoit une prescription d'arrêt maladie, puis une prolongation. Avant de préparer la fiche de paie, elle vérifie la date du premier jour d'absence, l'ancienneté acquise à cette date et la justification de l'arrêt de travail. Elle distingue ensuite la carence de la Sécurité sociale de celle du complément employeur. Le taux légal ou conventionnel est appliqué à la bonne base, en tenant compte des périodes antérieures. Enfin, le service comptable rapproche les IJSS réellement reçues des sommes attendues au titre de la subrogation.

Si l'arrêt maladie se prolonge, une alerte de suivi permet d'anticiper la fin d'une période de garantie sans décider à l'avance de la fin du revenu. La PME peut confier la préparation du calcul à son cabinet d'expertise comptable et demander un conseil en droit du travail sur une clause ambiguë. Le rôle de chacun doit rester clair : la caisse statue sur les indemnités journalières de Sécurité sociale, l'organisme de prévoyance répond sur ses garanties et l'entreprise applique ses obligations de maintien de salaire.

Ce guide ne concerne pas tous les motifs d'absence

Un arrêt maladie ne doit pas être traité comme un congé maternité, un congé paternité ou un accident du travail. Ces situations correspondent à des règles distinctes. Pour le complément légal, l'article D. 1226-3 distingue déjà la maladie non professionnelle de l'accident du travail ou de la maladie professionnelle, hors accident de trajet : dans ces derniers cas, le délai d'indemnisation court dès le premier jour d'absence. Un changement de qualification impose donc de reprendre le dossier avec le bon régime.

De même, ce guide ne détermine pas une aptitude à la reprise du travail et ne remplace pas un avis médical. Le motif administratif d'une fin d'IJSS doit être identifié avant toute conséquence sur la rémunération. Il ne suffit pas de constater que l'arrêt a atteint une durée donnée pour conclure à une fraude, à une sanction ou à une rupture du contrat.

Le décret de septembre 2026, publié sur Légifrance, est une actualité relative à certaines durées d'indemnisation. Les références du Code du travail citées ici servent à comprendre l'articulation avec l'indemnité complémentaire. Pour préparer une reprise de dossier, conservez ensemble le certificat d'arrêt transmis à l'entreprise, les notifications utiles, le modèle de calcul utilisé et la réponse de l'organisme de prévoyance.

Questions pratiques des employeurs

Faut-il modifier tous les bulletins au 15 octobre 2026 ?

Non. La réforme vise certaines durées d'indemnisation et comporte des dispositions transitoires. Elle appelle un examen des dossiers concernés, pas une réduction générale du maintien de salaire à cette date.

L'employeur doit-il financer toutes les IJSS qui ne sont plus versées ?

Il n'existe pas de compensation générale créée par ce décret. L'obligation dépend du maintien légal et des engagements conventionnels ou contractuels applicables. Le contenu exact de la garantie doit être vérifié.

Peut-on arrêter le complément dès qu'un virement de la CPAM manque ?

Un virement absent n'établit pas une fin de droits. Il faut en rechercher la cause, obtenir les informations utiles et examiner les conditions du maintien avant de régulariser la paie.

La prévoyance prend-elle nécessairement le relais ?

Non. Le relais dépend de la garantie incapacité souscrite. Une réponse écrite de l'organisme sur les conditions, la durée et les pièces à fournir permet de préparer le dossier sans promettre une prestation non confirmée.