L’année 2026 marque une étape significative dans l’évolution du droit de la sécurité sociale et du droit du travail en matière d’arrêts de travail et d’indemnisation. La loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026 (LFSS 2026) introduit, à travers plusieurs de ses dispositions, des mesures nouvelles destinées à encadrer de manière plus stricte tant la prescription des arrêts maladie que le versement des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS). Ces dispositions impactent directement la gestion administrative et humaine des absences pour maladie dans les entreprises.
Jusqu’à présent, le régime juridique applicable aux arrêts maladie ne prévoyait aucune durée maximale légalement imposée pour la première prescription ou pour ses prolongations. Sous l’empire de la nouvelle LFSS 2026, le législateur a souhaité instiller une règle d’ordre public visant à structurer la durée des arrêts, dans un contexte de maîtrise des dépenses d’assurance maladie.
Conformément à l’article inséré par la loi dans le code de la sécurité sociale, désormais la durée d’un arrêt de travail prescrit pour maladie ne peut excéder une durée maximale fixée par décret, sauf justification médicale expresse. Selon les travaux préparatoires et l’analyse du dispositif adopté, cette limite est fixée à 1 mois pour la première prescription et 2 mois pour une prolongation de celle-ci, qu’il s’agisse d’une prescription en ville ou à l’hôpital.
Cette limitation vise à :
Concrètement, dès l’entrée en vigueur de cette disposition, le médecin prescripteur doit motiver toute prescription dépassant ces seuils, en inscrivant sur l’arrêt de travail les éléments cliniques justifiant cette décision. À défaut de justification claire, la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) est susceptible de contester la prise en charge des indemnités journalières versées.
Le calcul des indemnités journalières reste assuré selon les principes généraux du code de la sécurité sociale : l’indemnité représente 50 % du salaire journalier de base sur la base des salaires antérieurs, dans la limite d’un plafond fixé réglementairement.
Toutefois, le dispositif indemnités journalières sécurité sociale 2026 s’inscrit dans une stratégie globale de régulation budgétaire. L’encadrement des arrêts de travail contient en lui-même un effet de limitation du volume d’indemnisation, car une durée d’arrêt plus courte se traduit mécaniquement par une réduction du cumul d’IJSS versées.
La LFSS 2026 ne se contente pas d’encadrer les arrêts maladie classiquement dits “non professionnels”. Elle introduit également, pour la première fois, un plafonnement de la durée de versement des indemnités journalières consécutives à un accident du travail ou à une maladie professionnelle (AT/MP). Ce plafonnement vise à distinguer davantage l’incapacité temporaire de la situation où une incapacité est reconnue comme permanente.
Ce dispositif, qui entrera pleinement en vigueur à compter du 1er janvier 2027, nécessite que l’évaluation de la situation du salarié fasse l’objet d’une attention particulière afin de déterminer le basculement éventuel vers l’indemnisation en rente ou en majoration d’une pension lorsque l’incapacité est reconnue permanente.
La réforme des indemnités journalières sécurité sociale 2026 se traduit pour le salarié par :
Il est essentiel que le salarié, tout autant que son employeur, maîtrise ces règles pour éviter les ruptures de prise en charge et les redressements éventuels résultant d’un versement indu des indemnités.
Du point de vue de l’employeur, plusieurs impacts organisationnels et juridiques sont à anticiper :
La non-conformité à ces nouvelles règles peut entraîner des contestations de la part de l’assurance maladie mais également des risques de contentieux prud’homal en cas de gestion incorrecte des absences.
La réforme des indemnités journalières sécurité sociale 2026 s’inscrit dans un mouvement plus large de contrôle renforcé des dépenses sociales et de responsabilisation des acteurs de santé, des salariés et des employeurs. Par l’introduction de plafonds de durée d’arrêt et de nouvelles modalités d’indemnisation, le législateur a souhaité concilier efficacité du système de protection sociale et adaptation au contexte budgétaire.
Pour les praticiens du droit du travail et les experts en ressources humaines, il est désormais indispensable de maîtriser ces évolutions pour accompagner efficacement les salariés et sécuriser juridiquement les pratiques d’entreprise.
Même en présence d’un état de santé justifiant l’arrêt, des éléments très “administratifs” peuvent suffire à retarder le paiement des IJSS. Les causes les plus fréquentes sont la transmission tardive de l’arrêt, une incohérence de dates (arrêt initial, prolongation, reprise), une information incomplète sur l’arrêt, ou un décalage entre l’arrêt prescrit et ce que la caisse considère comme conforme au cadre applicable.
Avec le renforcement de l’encadrement des prescriptions, un autre point d’attention apparaît : si une prescription dépasse les durées usuelles et que la justification médicale n’est pas clairement portée sur l’arrêt, le dossier peut être orienté vers un contrôle ou une demande de compléments. Pour le salarié, le bon réflexe est double : vérifier immédiatement les dates et conserver tous les éléments utiles (comptes rendus, convocations, examens) afin de pouvoir répondre vite si la CPAM sollicite des précisions.
La difficulté, en entreprise, tient à l’articulation de plusieurs “couches” : la Sécurité sociale (IJSS), les règles de maintien (loi, convention collective, accord, usage), la subrogation (l’employeur perçoit les IJSS et maintient la paie), et la prévoyance (relais éventuel après une certaine durée).
En 2026, la prévention des erreurs passe par une méthode simple : (i) tracer l’arrêt initial et chaque prolongation, (ii) verrouiller les dates de carence et le point de départ de l’indemnisation, (iii) paramétrer une alerte sur les prolongations, (iv) suivre la cohérence entre “arrêt médical” et “périodes de paie”, (v) documenter systématiquement les échanges CPAM. Une erreur de subrogation peut produire un trop-versé ou, à l’inverse, une paie insuffisante, ce qui alimente rapidement un conflit avec le salarié. La meilleure sécurité reste un processus écrit, partagé paie/RH, avec une check-list.
Un employeur ne “refuse” pas un arrêt de travail au sens médical. En revanche, il peut déclencher des vérifications dans le cadre légal (contre-visite médicale à certaines conditions, vérification des obligations du salarié, signalement d’anomalies manifestes).
Ce point doit être manié avec prudence : un excès de zèle, des propos maladroits ou des mesures défavorables peuvent exposer l’entreprise à un risque de contentieux, notamment si le salarié invoque une atteinte à ses droits ou une discrimination liée à l’état de santé. Côté salarié, il faut distinguer la discussion sur le maintien de salaire (souvent lié à des règles internes) et la discussion sur les IJSS (pilotée par la caisse). L’employeur a intérêt à sécuriser les formes, à agir sur des éléments objectifs (dates, obligations de transmission, cohérence) et à éviter toute appréciation médicale.
La suspension des IJSS est souvent liée à un élément manquant, à un doute sur la continuité des arrêts, ou à une phase de contrôle. La priorité est d’identifier précisément le motif et de répondre sans délai, par écrit, en joignant les documents demandés.
Pour un salarié, il est conseillé de : (i) conserver la preuve des envois, (ii) demander une confirmation écrite des pièces attendues, (iii) vérifier que l’arrêt initial et les prolongations sont correctement datés, (iv) solliciter, si nécessaire, un rendez-vous ou une explication formelle.
Pour un RH, l’enjeu est d’anticiper l’impact sur la paie (maintien, subrogation, régularisation) et d’éviter que le salarié se retrouve sans ressources. Une communication factuelle, neutre, et centrée sur la procédure est indispensable. En cas de blocage durable, l’analyse juridique du dossier (dont la chronologie exacte) devient déterminante.
Les arrêts longs sont rarement un simple sujet de paie. Ils posent aussi des questions de santé au travail et d’organisation. Pour le salarié, un risque fréquent est l’enchaînement : arrêt prolongé, difficultés de reprise, visite médicale, restrictions, puis inaptitude si aucun aménagement n’est possible. Pour l’employeur, le risque est de gérer l’absence au fil de l’eau, sans stratégie de prévention de la désinsertion professionnelle.
Les points à surveiller sont : la préparation de la reprise (visite, aménagement, échanges avec la médecine du travail dans le respect de la confidentialité), la traçabilité des démarches, et l’anticipation d’un éventuel reclassement si une inaptitude est envisagée. C’est souvent sur ces étapes que naissent les contentieux. Une gestion rigoureuse, humaine et documentée est généralement la meilleure protection des deux côtés.
