Prolongation d’arrêt maladie : comment éviter la perte d’indemnités journalières ?

Ce qu’il faut savoir sur les nouvelles règles d’indemnisation des arrêts maladie discontinus

Depuis le 1er septembre 2024, la CNAM applique une doctrine plus stricte en matière d’indemnisation des interruptions entre deux arrêts de travail. Ces règles concernent tous les salariés et leurs employeurs. Voici les points essentiels à retenir :

  • Tout jour non prescrit entre deux arrêts n’est plus indemnisé, même si l’arrêt suivant est une prolongation.
  • En cas d’interruption ≤ 2 jours, pas d’IJ versée ; si l’arrêt est "initial" → nouvelle carence, si "prolongation" → pas de carence, mais toujours pas d’IJ.
  • Dès 3 jours d’interruption, un nouvel arrêt initial s’impose : nouvelle carence + nouvelle attestation de salaire exigée.

Un changement de règle passé inaperçu, mais aux conséquences très concrètes

Depuis le 1er septembre 2024, la Caisse nationale d’assurance maladie (CNAM) a mis fin à une tolérance longtemps appliquée : les jours non couverts entre deux arrêts de travail ne sont plus indemnisés, même si le second arrêt est considéré comme une prolongation par le médecin.

Ce changement, discret dans sa communication, a pourtant des conséquences immédiates pour les salariés mal informés. Une simple journée non prescrite — souvent un week-end ou un lundi sans consultation — suffit désormais à rompre la chaîne d’indemnisation.

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Pourquoi ces jours non prescrits ne sont-ils plus couverts ?

Le principe : continuité stricte de l’arrêt pour bénéficier des indemnités journalières

En droit de la sécurité sociale, les indemnités journalières (IJSS) sont versées à condition que le salarié présente un arrêt médicalement prescrit, sans interruption. Jusqu’en 2024, une certaine tolérance était admise par la CNAM : un week-end intercalé sans arrêt explicite pouvait être couvert s’il était suivi d’une prolongation. Ce n’est plus le cas.

Dorénavant, toute discontinuité, même de 24 heures, entraîne la perte des IJ pour les jours non prescrits, y compris si l’arrêt suivant est marqué “prolongation”.

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Les conséquences pour les salariés : des droits suspendus… parfois sans le savoir

Un jour oublié = plus d’indemnisation

Il suffit d’un week-end ou d’un jour férié sans certificat médical pour que la CPAM considère que la continuité est rompue. Résultat :

  • Pas d’indemnité journalière pour ces jours non couverts ;
  • Possibilité de nouveau délai de carence si l’arrêt suivant est considéré comme “initial”.

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Exemple concret

  • Un salarié est arrêté du lundi 30 juin au vendredi 4 juillet 2025.
  • Il reprend un arrêt à partir du lundi 7 juillet.
  • Le samedi 5 et le dimanche 6 n’ayant pas été couverts par une prescription, aucune IJ ne sera versée pour ces deux jours.
  • Si le second arrêt est qualifié d’“initial”, un nouveau délai de carence de 3 jours s’applique.

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Prolongation ou nouvel arrêt : pourquoi cette distinction est essentielle

Le rôle de la case cochée sur le formulaire d’arrêt

Lorsque votre médecin vous prescrit un arrêt de travail, il coche l’une des deux cases suivantes :

  • “Initial” : c’est un nouvel arrêt.
  • “Prolongation” : l’arrêt s’inscrit dans la continuité du précédent.

Mais cette mention n’a d’effet que si les arrêts se suivent sans interruption de plus de 2 jours. Au-delà, même si la case “prolongation” est cochée, les jours non prescrits restent non indemnisés.

En résumé :

Durée entre deux arrêts Prescription "initiale" Prescription "prolongation"
≤ 2 jours Pas d’IJ + nouvelle carence Pas d’IJ mais pas de nouvelle carence
≥ 3 jours Pas d’IJ + nouvelle carence Idem

Quelles précautions pour ne pas perdre ses droits ?

1. Anticiper la fin de son arrêt en consultant à temps

Prenez rendez-vous avec votre médecin avant la fin de votre arrêt actuel, surtout si une rechute ou une prolongation est envisageable. Ne laissez pas de “vide” entre deux certificats.

2. Vérifier les dates sur le nouvel arrêt

Assurez-vous que la date de reprise prévue sur le premier arrêt corresponde bien à la date de début du second. Cela garantit une continuité médicale.

3. Demander à votre médecin de cocher la bonne case

Si votre arrêt doit se poursuivre sans interruption, demandez au médecin de cocher “prolongation”. Cela évite de relancer un délai de carence de 3 jours.

4. Informer votre employeur sans délai

En cas de reprise ou de prolongation, transmettez immédiatement votre certificat. Certains employeurs doivent émettre une nouvelle attestation de salaire si l’arrêt est “initial”.

Et si je découvre que des jours n’ont pas été indemnisés ?

Pas de régularisation rétroactive

Malheureusement, les CPAM n’appliquent plus de tolérance sur ces jours “intercalés”. Même si vous avez été réellement malade, l’absence de prescription médicale vous prive de toute indemnité.

Il est donc crucial de s’assurer que votre arrêt est prescrit en continu.

Conclusion : une réforme discrète, mais à fort impact

Ce nouveau régime met fin à une souplesse administrative qui bénéficiait aux assurés sociaux. Il impose désormais une discipline stricte pour éviter toute rupture de droits. Un simple oubli — un week-end non couvert, un lundi sans consultation — peut désormais entraîner la perte des indemnités journalières, et parfois le redémarrage d’un délai de carence.

Pour les salariés, l’enjeu est double :

  1. Préserver leur droit à indemnisation ;
  2. Éviter des erreurs coûteuses, souvent par méconnaissance du système.

En cas de doute, le recours à un conseil en droit social reste essentiel pour sécuriser ses démarches et, le cas échéant, envisager une contestation si la situation le justifie.